Au XVIe siècle, les villes souffrent des guerres de religion qui opposent, depuis novembre 1562 les catholiques, conduits par la Ligue, et les protestants. Elles sont également ruinées par les impôts de l’Etat monarchique qui obligent les collectivités à emprunter et par l’élévation considérable du taux d’intérêt.

Pontoise connaît aussi de graves difficultés financières. Pendant les guerres de religion, Pontoise a pris le parti de la Ligue contre Henri III et Henri de Navarre, lequel devient Roi de France en 1589. Lorsque Pontoise lui ouvre ses portes le 22 mars 1594, elle doit lui verser une indemnité de guerre de 60 000 écus.

Dès le 29 mars, les habitants de Pontoise lui adressent une supplique pour lui demander une diminution des impôts "en considération des grandes pertes et ruines qu’ils ont soufferts dans les deux sièges, nourriture des garnisons et grandes dettes de toutes sortes dont ils sont chargés".

Sur le montant initialement prévu, le Roi consent finalement à réduire l’indemnité de guerre à 45 000 écus. La ville ne sait comment rembourser les créanciers.

Cette situation financière très médiocre est le lot commun des villes de France et constitue un terrain favorable à l’intrusion du pouvoir royal dans les affaires municipales.

Le Roi surveille les élections à l’Hôtel de Ville, impose des candidats officiels à l’échevinage, le plus souvent des officiers de longue robe.

Le corps de ville ne représente plus, juridiquement, qu’un exécutant même si la pratique demeure variée. Son autorité achève de s’effacer sous le contrôle des gouverneurs, des baillis.

Prêt de 300 écus d’or consenti par la Ville au Duc d’Anjou, frère de HENRI III, et emprunts faits par la Ville pour ce prêt, 1581-1583
Archives Municipales de Pontoise, cote CC8 A/10

Lettres patentes autorisant la Ville à imposer 400 livres par an pour payer les dettes autres que les rentes, 1595
Archives Municipales de Pontoise, cote AA3

Mandement de HENRI II, 1er mars 1556
Archives Municipales de Pontoise, cote AA3

Lettres patentes de HENRI II mandant au Superintendant des finances à Rouen de faire l’inspection de toutes les recettes municipales et de vérifier la comptabilité des receveurs. Par ce mandement, le roi contraint les villes récalcitrantes à montrer leurs comptes :

"Henry a nostre amé et feal conseiller general superintendant des deniers communaux des villes de la generalité de Rouen, maitre Gabriel Berard, salut et dilection. Comme pour vacquer au fait de vostre estat de general soict besoing vous transporter en icelles et que aulcuns les maires, gouverneurs, eschevins, procureurs et recepveurs desdits deniers communes patrimoniauls et d’octroiz pourront differer et mectre en longueur l’execution des dictz deniers s’excusans les ungs sur les autres ou pour n’avoir la charge desdictz pappiers ou bien pour l’absence de l’ung d’eulz qui auroit l’une des clefs des coffres ou sont iceulx pappiers"